南溪书院原为郑义斋别墅，建于北宋中期，位于尤溪县城南公山之麓，毓秀峰下，原名溪南馆。是我国南宋著名理学家、教育家朱熹的诞生地。北宋宣和五年至七年（1123—1125年），朱熹之父朱松任尤溪县尉，郑安道之子郑德与任尤溪县宰，与朱松成为莫逆之交。建炎三年（1129年）十二月，朱松权职建州，时值方腊起义，朱松听说有“虏骑”自江西入邵武，便弃官携家上政和，寄居垄寺。五月初，避叛兵南下尤溪，寄居郑安道南溪别墅。建炎四年（1130年）农历九月十五日朱熹生于此。

南宋嘉熙元年（1237年），即朱熹去世37年后，尤溪县令李修捐金修葺，在朱熹诞生地创建朱子祠，地盘在原有的基础上略有扩展，新建房三楹，祀朱松、朱熹父子。南宋淳祐五年（1245年）冬，上饶人施濆扩建讲堂于祠堂之右，名曰“会极堂”，作为书院的讲堂之所。南宋宝祐元年（1253年），宋理宗御题“南溪书院”因而得名。德祐元年（1275年），皇帝御书赐额“南溪书院”匾，悬挂于韦斋祠堂大门之上，又题褒“海滨邹鲁”，把朱熹誉为福建尤溪的孔子。明正统十三年（1448年），邓茂七起义军攻破尤溪城邑，城南一带民居和南溪书院同时毁于战火。明景泰二年（1450年），重修南溪书院，其规模又进一步扩展。明弘治十一年（1499年），扩建正堂及左右舍五间。清康熙五十二年（1753年），赐御书“文山毓哲”匾额。民国十八、十九年（1929—1930年），邑人卢兴邦为纪念朱熹诞辰800周年，先期重新整顿院规学田，部署专人管理。之后又进行规模较大的翻修，重塑朱熹全身坐像，南溪书院外貌有所改观。1957年，南溪书院被作为沙尤公路指挥部，林业化工厂使用，一场意外大火烧毁文公祠、韦斋祠的主要部分。

南溪书院建筑坐南朝北，占地面积5500平方米，建筑面积1300平方米。建筑群包括文公祠、韦斋祠、半亩方塘、活水亭、溯源处、毓秀亭、镇山祠、瘗衣处等组成。现存半亩方塘、观书第（1990年台胞捐资复建）、溯源处、活水亭（1985年复原）等。2001年起，尤溪县委、县政府作出全面复原朱熹诞生地遗址工程的决定，先后修建半亩方塘、文公祠、新建了音乐喷泉（朱熹画卦洲）、儒学图腾柱、华表山门和朱熹生平浮雕组合，高等级改造沈郎樟别苑（内有朱熹手植两株樟树）等。

文公祠南溪书院文公祠位于尤溪县城关水南，面朝文山，背靠公山，山清水秀、风光旖旎。前临青印溪，后倚戴公山脉。南宋著名的理学家、教育家朱熹就诞生在这里。后又为纪念这位伟人，在此倡立“文公祠”。

文公祠，为二进制二层重檐歇山顶木构建筑，1958年毁于大火。现为2002年重建的单进重檐歇山顶木结构建筑。面积比原建筑略有扩大。占地面积2388平方米，建筑面积560平方米，高约13米。面阔七开间，进深五开间。明间与次间相连成为大厅，厅头设一弧形神龛，正中主祀朱熹神像，头戴珠帘国公帽，手持牙笏，面带微笑，似乎在向人们讲经传道。次间以其得力第子蔡元定、真德秀、黄榦、郑绍先画像配享。往后堂内走廊木梯而上，到达二楼。二楼为五开间，明间大厅，祀“文昌帝君”神像。二楼窗棂上方悬有一方形牌匾，蓝底金边，浮镌“文公祠”几个大字。整座建筑庄严肃穆，仪态万方。