尤溪县水系发育，有流域面积10平方公里以上的河流81条，其中流域面积50平方公里以上的25条。境内有尤溪、新岭溪、高洲溪和后亭溪4条水系（均为闽江支流），其中以尤溪水系为最大（其在本县的流域面积占全县总面积的74%）。
主要溪流
尤溪水系
尤溪上游有二源：一是均溪，发源于大田县南部，在坂面乡街面村流入尤溪；二是文江溪，发源于永安市青水乡南部，流经大田县（中下游约有10公里流经尤溪县新阳镇高士、中洋村，称赤目溪），在坂面乡厚禄坪村流入尤溪。两溪在下尾自然村汇合后始称尤溪（1981年地名普查时确定）。
尤溪由西南向东北流经坂面、城关、梅仙、西滨和尤溪口五个乡镇，注入闽江。主要支流（指流域面积50平方公里以上的支流，下同）有：
1、新桥溪：源流于管前镇东上村，新阳镇上地、溪坂、林尾、上井、池田、文山、下桥、坎里、夏阳、中洋村，注入赤目溪。
2、溪口溪：源流于大田县及尤溪县坂面乡厚禄坪村。
3、街面溪：源流于德化县及尤溪县坂面街面村。
4、京口溪：源流于新阳镇葛竹、宝山村，坂面乡京口、坂面村。
5、清溪：源流于中仙乡双溪口、竹峰、剑溪村，台溪乡际坑、玉涧、象山、清溪、凤山、西吉、园兜、大头桥村，坂面乡下川村。
6、台溪：源流于台溪乡盖竹、洋头、台溪、洋尾、莒洋、书京村，城关镇园溪村。
7、青印溪：源流于八字桥乡坑头、黄垄、村头、洪田、洪牌村，管前镇柳塘、真地、林源、浯溪村，西城镇新坑、山连、湆头、后洋、玉池、解建、联建、七尺、光林、安林村，城关。
8、新洋溪：源流于城关镇星明、腾洋、新洋、下村村，梅仙乡汶潭村。
9、源湖溪：源流于联合乡连云、下云村，梅仙镇丁地、乾美、下保、玉石、源湖村。
10、吉木溪：发源于莲花山，流经联合乡联合、联东、联南、惠州、吉木村。
11、华兰溪：发源于汤川乡北山岩，流经汤川乡光明、下井、黄林村，台溪乡安阳村，溪尾乡秀峤、长华、溪尾村，西滨镇华兰、雍口村。
12、际后溪：源流于西滨镇彩城、厚丰、际后、西洋村。
新岭溪水系
新岭溪发源于汤川乡大模山，流经汤川乡溪滨、阳星村，洋中镇水圳、洋中、坎兜、漈口村，南平市樟源镇，注入闽江。
高洲溪水系
高洲溪发源于汤川乡大模山，流经汤川乡岳溪、香林、原厝村，洋中镇王宅村，南平市樟湖镇和古田县莪洋乡，注入闽江。
后亭溪水系
后亭溪发源于汤川乡大模山，流经汤川乡珠峰、珠建村，中仙乡吉安、岭下、华仙村，注入永泰县境内的大樟溪。
